耕地赔偿方案的制定主要涉及以下部门：
市、县级人民政府：
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第四条，市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作，包括制定征地补偿方案。
土地征收部门：
具体负责征地补偿方案的制定，通常是县级以上地方人民政府的土地征收管理部门。
相关部门配合：
市、县级人民政府有关部门应当依照规定和职责分工，互相配合，保障房屋征收与补偿工作的顺利进行。
综合以上信息，耕地赔偿方案由 市、县级人民政府主导，并由其确定的土地征收部门具体制定。同时，方案在制定过程中需要考虑多种因素，并需经过相关部门的配合和审核，确保公平合理。
