在4S店购买车辆时，合格证的处理方式通常如下：
提车时合格证的处理
合格证一般不会随车发放，而是在提车后一星期内，4S店会要求车企邮寄过来。
消费者在购买车辆后，汽车经销商会同时提供购车发票、产品使用说明、保养手册、车辆检测单和汽车合格证。这些文件都是进行工商认证、交购置税、验车和办理牌照的重要凭证。
若4S店扣留合格证
消费者首先应查阅购车合同，了解合同中关于交付时间及合格证的相关条款。若合同中有明确延期交付的处理方式，消费者可依据合同条款要求4S店承担相应的违约责任；若合同未明确，消费者需评估实际损失，并据此提出合理要求。
若经多次催促，4S店仍无法提供合格证，消费者有权考虑退车，并向消费者协会投诉或提起诉讼。
若4S店未能及时提供合格证
消费者可以要求4S店尽快提供合格证或给出明确的交付时间。了解合格证未能及时到位的具体原因，如是否因厂家发货延迟等，有助于双方更好地理解问题并寻找解决方案。
如果4S店运转正常，通常需要两到三天的时间才能拿到合格证。如果购车后，经销商仍然未能提供合格证，消费者可以要求退车或者向消费者协会投诉。
法律途径
如果协商无果，消费者可以向当地消费者协会投诉，借助第三方力量促进问题解决。若问题仍未能得到解决，消费者可以选择通过法律途径，向法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
注意事项
在购车过程中，消费者应务必确认车辆是否附有合格证，并核对合格证上的信息与车辆实际情况是否一致。如果没有合格证或合格证信息不符，应立即与卖家沟通，要求提供合格证明或解除购车合同。
建议消费者在购车时仔细查看合同条款，并在提车后及时跟进合格证的提供情况，以确保自身权益不受损害。
